亲子鉴定应用可以分为司法和个人亲子鉴定的两种情况。司法鉴定包括遗产纠纷、罪犯认定、被拐儿童认领、非婚生子女入户、意外事故身份认证和抚养权纠纷等。个人亲子鉴定主要是怀疑子女非亲生，以及少数情况下的失散亲属认亲。

常染色体STR

因为STR具有高度多态性、稳定性和杂合性，多个STR位点共同分析，可以得到很高的累积个体识别率和非父排除率，通过公式转化，可以将非父排除率转变为父权指数。在不违反孟德尔遗传定律时，累积父权指数>10000，即可认定亲生关系。常染色体STR可以应用于多数的常规三联体(母亲、孩子和争议父亲)、二联体(母子或者父子)案件的检测，也可以辅助祖孙关系和同胞关系认定的亲子鉴定检测。

X—STR

通过X-STR和常染色体STR计算非父排除率的公式的比较，可以发现，在母一女一父三联体案件中，前者优于后者。由于父亲的x染色体只能传给女儿，所以在父女关系鉴定的二联体案件中，X-STR是有效的;同时，同一父亲的姐妹(无论同母或者是异母)都拥有相同的父源x染色体。在双亲都缺如的情况下，检测X-8TR，如果两者之间没有相同的等位基因，可以作出两者“不是同父所生”的结论。由此可知，在同胞或者半同胞关系鉴定中，X-STR也有重要作用。X染色体一条来自母亲，一条来自父亲的遗传特性，使得X-STR在祖父母一外孙、姑一侄女、姨一外甥和舅一外甥等关系认定中，也发挥了至关重要的作用。

Y-STR

Y染色体父系遗传的特点，决定了它在亲子鉴定中只能应用于父系关系的鉴定。如父一子、祖一孙、同胞、叔一侄等关系。在这些案件中，y-STR主要是作为常染色体STR检测的补充手段而存在。根据目前的国际惯例，必须有两种以上独立的遗传标记同时排除才能否定有血缘关系，德国亲子鉴定专家证人协会认为Y—STR与常染色体的判断标准应该相同，即要3个以上的基因不同刁一能排除亲权。在排除突变的影响下，同一父系所以男性个体的Y染色体都是一样的。所以Y-STR也广泛应用于大家系的鉴定案件中。值得重视的是，y-STR在遗传过程中的变异。曾有权威报道，在4999例已通过DNA分析证实亲子关系的父子中，发现父子间存在1个Y—STR分型突变率在0.28%，有两对父子存在2个Y-STR的变异。

综上所述，在目前的技术水平下，DNA遗传标记已经广泛应用于各种亲子鉴定案件中，并且能很好的解决各种亲子鉴定问题。但是，由于突变的存在，某些案件的鉴定结果尚存在争议。因此，建立新的更完善的复合扩增体系是势在必行的。